Egy forradalmian új technológia segítségével Callum Lynch (Michael Fassbender) újraéli egyik őse, a 15. századi Spanyolországban született Aguilar kalandjait. A férfi így érti meg, hogy egy titokzatos, ősi szövetség, az Assasinok rendjének leszármazottja. Hihetetlen tudással és ügyességgel rendelkezik - de csak azért, hogy szembeszállhasson a nagy erejű és gonosz szándékú Templomosokkal.